Windesheim is een dorpje ten zuiden van de stad Zwolle, dat behoort tot de gemeente Zwolle in Overijssel. Daar was vóór de Reformatie het moederklooster van de Congregatie van Windesheim gevestigd. De in 1986 opgerichte Hogeschool Windesheim is naar dat klooster vernoemd.
De Congregatie van Windesheim was een verband van kloosters van reguliere kanunniken, geestelijken die de Regel van Sint-Augustinus volgden en daarom ook augustijner koorheren werden genoemd.
Deze congregatie ontstond in 1394 als het Kapittel van Windesheim en was toonaangevend in de hervormingsbeweging Moderne Devotie. De Windesheimer Congregatie bestaat nog altijd.
Het moederklooster in Windesheim werd in 1572 door de Oranjegezinde Watergeuzen verwoest. Van het kloostercomplex resten alleen nog enkele kelders en een gebouw dat hoogstwaarschijnlijk het brouwhuis van de koorheren was. Daar huist nu de Hervormde Gemeente Windesheim (Protestantse Kerk in Nederland).
Hogeschool Windesheim, waarvan de hoofdvestiging in Zwolle staat maar niet in het dorp Windesheim, is een in 1986 opgerichte hbo-instelling, ontstaan als fusie van diverse protestants-christelijke beroepsopleidingen. Hoewel haar naam verwijst naar een christelijk verleden heeft de hogeschool haar oorspronkelijke christelijke identiteit afgelegd. Haar mission statement bevat nog op uiterst minieme wijze iets wat voor levensbeschouwelijk zou kunnen doorgaan: “Bij hogeschool Windesheim staat de mens centraal. Dit betekent dat Windesheim staat voor samen leren, ontwikkelen en innoveren door praktijkgericht onderzoek en onderwijs.”