Autocefalie is een kerkelijk begrip dat bestaat uit de twee Oudgriekse woorden voor ‘zelf’ en ‘hoofd’. Een autocefale kerk is dus een kerk met een eigen hoofd. Dat betekent dat een autocefale kerk wordt geleid door iemand die geen andere bisschop boven zich heeft staan.

‘Autocefalie’ betekent letterlijk ‘zelfhoofdigheid’. Het woord is gevormd door αὐτος (autos, ‘zelf’) en κεφαλή (kefalè, ‘hoofd’). Het begrip wordt vaak vertaald met ‘zelfstandigheid’. 

In de Orthodoxe Kerk geeft de autocefalie van een particuliere kerk aan dat zij onafhankelijk is. Dat wil zeggen dat zij niet alleen autonoom is, maar ook een eigen hoofd heeft. De hoogste bestuurder van een autocefale kerk (katholikos, patriarch, metropoliet of aartsbisschop) hoeft aan geen andere geestelijke verantwoording af te leggen. Dat betekent overigens niet dat hij absolute macht heeft. Hij bestuurt zijn kerk samen met een bisschoppencollege, de Heilige Synode geheten, waarin hij primus inter pares is. 

De oosters-orthodoxie is de christelijke stroming die het Oecumenisch Concilie van Chalcedon (451) aanhangt en vanaf het Grote Schisma van 1054 geen eenheid met de Latijnse Kerk meer kent. Binnen de wereldorthodoxie bestaan veertien kerken wier autocefalie door allen wordt erkend. Daarnaast zijn er nog enkele nationale kerken die zichzelf autocefaal hebben verklaard.

De veertien autocefale orthodoxe kerken bestaan uit de vier oude Grieks-orthodoxe patriarchaten, de vijf nieuwe patriarchaten en vijf nationale kerken. 

De vier oude patriarchaten zijn die van Constantinopel; Alexandrië; Antiochië; Jeruzalem. De nieuwe patriarchaten zijn die van Moskou en Rusland; Servië; Roemenië; Bulgarije; Georgië. De vijf nationale kerken zijn die van Cyprus; Griekenland; Albanië; Polen; de Tsjechische Landen en Slowakije. De patriarchaten heten zo omdat een patriarch - de hoogste clericale rang - er aan het hoofd staat. Aan het hoofd van de kerken van Cyprus, Griekenland en Albanië staat een aartsbisschop; aan de twee overige een metropoliet.

De Orthodoxe Kerk in Amerika (OCA) wordt door de Slavische kerken als autocefaal erkend, maar niet door de Grieks-orthodoxe kerken.

De autocefalie van de in december 2018 opgerichte Oekraïens-Orthodoxe Kerk wordt erkend door het Oecumenisch Patriarchaat van Constantinopel, maar bestreden door het Patriarchaat van Moskou, dat gezag over de Oekraïense orthodoxie claimt. 

De nationale kerken van Noord-Macedonië en Montenegro vallen onder het Servische patriarchaat, maar facties binnen die kerken aspireren autocefalie. 

Het begrip autocefalie wordt ook gebruikt om de zelfstandigheid van kerken aan te duiden die niet behoren tot het zogeheten Chalcedonische christendom (Concilie van Chalcedon). Er zijn zes autocefale niet-Chalcedonische (of oriëntaals-orthodoxe) kerken: de Koptisch-Orthodoxe Kerk; de Syrisch-Orthodoxe Kerk; de Armeens-Apostolische Kerk; de Ethiopisch-Orthodoxe Tewahedo Kerk; de Eritrees-Orthodoxe Tewahedo Kerk; de Malankaarse Syrisch-Orthodoxe Kerk.

Ook het nestorianisme kent autocefale kerken: de Assyrische Kerk van het Oosten; de Oude Kerk van het Oosten.