De Heilige Familie sloeg op de vlucht naar Egypte omdat koning Herodes de pas geboren Messias wilde doden.

Kindermoord van Bethlehem 
In het Matteüs-evangelie staat dat Herodes de Grote zich bedreigd voelde door de op handen zijnde komst van de Messias, die volgens zijn schriftgeleerden in Bethlehem geboren zou worden. Aan Jozef verscheen in een droom een engel die hem beval om samen met Maria en het Kerstkind naar Egypte te vluchten. Daarmee kon hij ontsnappen aan de toorn van Herodes die in Bethlehem en omstreken al de jongens van twee jaar en jonger liet doden.

Profetie vervuld 
Jozef vluchtte onmiddellijk met Jezus en zijn moeder Maria naar Egypte, zo vertelt het Matteüs-evangelie. De Heilige Familie bleef daar tot de dood van Herodes. Daarmee zou volgens Matteüs een profetie van Hosea in vervulling zijn gegaan. Die luidt: 'uit Egypte heb Ik mijn zoon geroepen' (Hos. 11,1).

Naar Galilea 
Toen Herodes gestorven was, verscheen opnieuw een engel in een droom aan Jozef in Egypte. De boodschapper van God zei dat de vijanden van het Kerstkind dood waren en dat Jozef met zijn gezin naar Israël moest terugkeren. “Jozef stond op, nam het kind en zijn moeder mee en ging naar het land Israël. Toen hij hoorde dat Archelaüs zijn vader Herodes was opgevolgd als koning van Judea, was hij bang om daarheen te gaan. In een droom gewaarschuwd, week hij uit naar het gebied van Galilea, en vestigde zich in de stad Nazareth.”

Gods zoon
De profetie van Hosea, waarmee Matteüs de terugkeer van het Kerstkind naar Israël verbindt, begint zo: “Toen Israël nog een kind was, had ik het lief.” Vervolgens vertelt Hosea kort het verhaal van de Uittocht van de Israëlieten uit Egypte, waar zij als slaven geleefd hadden. JHWH noemt het volk Israël zijn zoon. Matteüs geeft het zoon-van-God-zijn een nieuwe betekenis. Jezus, zoon van Israël, is Gods Zoon en redder van zijn volk. 

Abraham en Jozef 
De Vlucht naar Egypte doet denken aan aartsvader Abraham die vanwege een hongersnood Kanaän verliet om in Egypte voedsel te zoeken. Ook de zonen van Jakob moesten vanwege hongersnood uitwijken naar het land van de farao. Toen ze voor de onderkoning verschenen om van hem graan te kopen, wisten ze aanvankelijk niet dat hij hun bloedeigen broer Jozef was, die zij als slaaf hadden verkocht aan Ismaëlieten. Die hadden Jozef naar Egypte gebracht waar zij hem verkochten aan Potifar, een hoveling van de farao en commandant van de paleiswacht.

Maria-verschijning 
Er bestaat een aantal apocriefe geschriften over het verblijf van de Heilige Familie in de Nijldelta. Een daarvan is het Armeense Kindsheidevangelie. Andere bronnen zijn Griekse en Joodse teksten uit de 2e en 3e eeuw. De Koptische paus Theophilos (384-412), de 23ste patriarch van Alexandrië, claimde dat de Heilige Maagd aan hem verschenen was en hem gedetailleerde informatie over haar verblijf in Egypte had verstrekt. De patriarch stelde deze geopenbaarde data op schrift.

Koptische heiligdommen
Een aantal kerken en monniken in Egypte zijn gebouwd op plekken waar de Heilige Familie zou zijn geweest. Voorbeelden: El-Zeitoun in Cairo, waar in 1968 melding werd gemaakt van een Mariaverschijning, en in Assiut (Opper-Egypte), waar de Maagd in 2000 zou zijn verschenen.