In Hij is een Zij volgt Jan Kooijman een jaar lang transgender personen in hun transitie en dagelijks leven.
Inaya (27) vlucht weg uit Pakistan omdat ze daar niet geaccepteerd wordt als vrouw. In een AZC in Nederland wordt ze vriendinnen met Nancy. Ze delen dezelfde achtergrond: ze zijn beiden gevlucht en in transitie naar vrouw.
Emma (12) vertelt tijdens het nagellakken aan presentator Jan Kooijman dat ze het leuk vindt om anders te zijn, maar dat het soms ook lastig is. Ze gaat daarom naar therapie om te leren praten over haar gevoelens.
Voor Jules (19) is het zo ver: hij ondergaat een borst- en baarmoederverwijdering. Ook laat hij zijn eierstokken weghalen, omdat hij nog last heeft van ongesteldheidskrampen.
Nanoah (19) identificeert zich als non-binair, dat betekent je geen man en geen vrouw voelen. Nanoah krijgt zo veel vragen over diens genderidentiteit dat die voorlichting geeft aan jongeren.