De Cappella Sistina is een gewijde ruimte in het Apostolische Paleis. Deze werd tussen 1473 en 1483 gebouwd in opdracht van paus Sixtus IV. De kapel is wereldberoemd geworden door de fresco’s van onder anderen Sandro Botticelli, Pietro Perugino en Domenico Ghirlandaio, maar vooral door het Laatste Oordeel van Michelangelo dat op de hoofdwand is te bezichtigen.

Bouw
Op de plaats waar nu de Sixtijnse Kapel staat, stond vroeger de in 1378 gebouwde Cappella Maggiore. De aanleiding tot de bouw van de Sixtijnse Kapel was de afgetakelde toestand waarin de Capella Maggiore zich bevond. Onder het bewind van paus Sixtus IV begon Renaissance-architect Baccio Pontelli in samenwerking met Giovanni di Dolce aan de bouw van een nieuwe kapel. Aan deze Sixtus dankt de kapel haar naam. Het bouwwerk werd ontworpen als achtergrond voor pauselijke verkiezingen en in het bijzonder voor de samenkomsten en erediensten van de tweehonderd geestelijken die samen de Cappella Pontificia ('pauselijke kapel') vormden. Het rechthoekige gebouw kreeg een afmeting van 40,23 bij 13,41 meter en een hoogte van 20,70 meter. Deze maten zijn gebaseerd op de afmetingen van de Tempel van Salomo zoals deze beschreven staat in het Oude Testament.
Op vrijdag 15 augustus 1483, Hoogfeest van Maria Tenhemelopneming, werd de kapel ingewijd. Naast de bouw van de kapel richtte paus Sixtus IV, een groot liefhebber van muziek, het Sixtijnse koor op om de muziek de verzorgen voor de pauselijke liturgie.

Huidige functie
De Sixtijnse Kapel heeft haar functie als pauselijke hofkapel tot op heden behouden en hier vinden dan ook de belangrijkste liturgische vieringen voor het pauselijk hof plaats. Ook is de kapel vaak de plek geweest waar de kardinalen samenkwamen om tijdens een conclaaf een nieuwe paus te kiezen. Sinds 1878, het conclaaf waarbij paus Leo XIII werd gekozen, vonden alle conclaven plaats in deze kapel. Op het dak van de Sixtijnse Kapel wordt voorafgaand aan een conclaaf een schoorsteen geplaatst, waar na elke stemronde rook uitkomt. Afhankelijk van de uitslag is dit witte of zwarte rook waarmee het signaal aan de buitenwereld wordt gegeven of er al dan niet een nieuwe paus is gekozen.

Eerste beschildering
De opdracht voor de muurschilderingen van de Sixtijnse Kapel werd gegeven aan Sandro Botticelli, Pietro Perugino, Domenico Ghirladaio, Cosimo Rosselli en Luca Signorelli. Zij voltooiden de decoratie in 1480, ruim voor de inwijding van de kapel. De schilderingen bestonden uit achtentwintig geschilderde nissen tussen de ramen, die de portretten van de pausen van de eerste drie eeuwen bevatten. Daarnaast verhalen de muurschilderingen de levens van Mozes en Christus.

Michelangelo
In 1508, het jaar dat Rafaël Santi begon met de schilderingen voor de pauselijke vertrekken, gaf paus Julius II (de opvolger van Sixtus IV) Michelangelo de opdracht voor de decoratie van het plafond. De alom geprezen kunstenaar vermeldde dat schilderen niet zijn vakgebied was maar desondanks accepteerde hij het verzoek. Michelangelo ondervond grote moeilijkheden bij zijn werk omdat hij de schildering aan moest passen aan de vorm van het plafond. Uiteindelijk voltooide hij de schilderingen in het najaar van 1512. De onderwerpen van de plafondschilderingen betroffen scènes uit het Oude Testament. Vanaf de ingang van de kapel naar het altaar is de hele geschiedenis van de mensheid afgebeeld. Naast deze taferelen uit Genesis zijn in de omlijstingen zowel Bijbelse profeten als Sibillen te zien. De laatste waren profetessen uit de klassieke oudheid die volgens christelijke auteurs de komst van Jezus hadden voorspeld. Deze samenkomst van christelijke en antieke elementen in de plafondschildering is kenmerkend voor alle kunst uit de Renaissance.Tenslotte begon Michelangelo in de lente van 1536, onder het pontificaat van Paulus III, aan de laatste schildering voor de Sixtijnse Kapel, het wereldberoemde Laatste Oordeel.

Menselijk lichaam in de plafondschilderingen
De focus bij de plafondschilderingen van Michelangelo Buonarroti ligt op de mens. Dit komt tot uiting in de afwezigheid van een achtergrond of van decoratieve versieringen. Elke mens heeft zichtbaar scherpe uitgedachte contouren die afsteken tegen een neutrale architectonische setting. Net als in zijn beeldhouwwerken, concentreert de schilder zich voornamelijk op de expressie van het menselijk lichaam. Voor Michelangelo was het lichaam niet alleen mooi in zijn fysieke vormen maar ook in spirituele en geestelijke zin. Het lichaam was de manifestatie van de ziel en daarmee de belichaming van het menselijk karakter. Michelangelo presenteert het lichaam in zijn meest simpele elementaire aspect: de figuren zijn veelal naakt afgebeeld of op simpele wijze gekleed.

Schepping van Adam
Eén van de centrale plafondschilderingen is de schepping van Adam. De kunstenaar schilderde in plaats van de traditionele interpretatie, de humanistische weergave van dit thema. Dit komt naar voren in de manier waarop Adam is afgebeeld. De jongeman is op een bijna heroïsche manier geschilderd waarbij hij oog in oog staat met de in hogere sferen afgebeelde God. Op een hele concrete manier is hier de communicatie tussen Goden en helden afgebeeld, iets wat kenmerkend is voor de klassieke mythologie. Dit is een toonaangevend voorbeeld van hoe christelijke tradities samensmelten met tradities uit de Hoge Renaissance. Op dezelfde schildering is te zien hoe zich in Gods linkerarm een nog ongeschapen vrouw bevindt. Wetenschappers hebben lange tijd gedacht dat hier Eva was afgebeeld was maar tegenwoordig zijn velen er van overtuigd dat dit een weergave is van de Heilige Maagd Maria met het nog ongeboren Christuskind. Als deze tweede interpretatie correct is toont dit aan dat Michelangelo hier één van de essentiële grondbeginselen van het christelijke geloof weergeeft (het geloof dat Adams zonde leidde tot het offer van Christus en daarmee de verlossing van de gehele mensheid). De liggende positie, de gespierde weergave en de gedraaide poses van de figuren behoren tot de belangrijkste karakteristieken van de stijl van Michelangelo Buonarroti.

De Bestraffing van Korach
Een van de bekendste muurschilderingen is een scène geschilderd door Sandro Botticelli. Het betreft het verhaal van Korach, Dathan en Abiram die tijdens de tocht door de woestijn in opstand komen tegen de leiders Mozes en Aäron. God straft alle oproerkraaiers door ze door de aarde te laten verzwelgen. Op het fresco zijn drie scènes zichtbaar waarbij Mozes de hoofdrol speelt. In de rechter scène houdt Jozua opstandelingen tegen die Mozes willen stenigen. In het middelste fragment is Aäron te zien, waarbij hij belaagd wordt. Links roept Mozes God op om de rebellen te straffen. 
Opvallend in de afbeelding is de Boog van Constantijn op de achtergrond. Deze eerste christelijke Romeinse keizer zou, volgens een vals middeleeuws document (de Donatio Constantini) de paus de wereldlijke macht hebben gegeven, een boodschap die paus Sixtus VI graag uitdroeg. De diepere boodschap die het schilderij uitdraagt lig in de figuur van Mozes die symbool staat voor de pauselijke macht. Een inscriptie vermeldt de tekst: ‘Aanval op Mozes, drager van de geschreven wet.’ Eigentijdse toeschouwers zullen de zinspeling op de conciliaire beweging en de Italiaanse vorsten die op dat moment in oorlog waren met de paus direct hebben opgepikt. De toeschouwer wordt hier opgeroepen om de opstand met de paus te mijden.

Jezus overhandigt de sleutels aan Petrus
Aan de overkant van de door Sandro Botticelli geschilderde Bestraffing van Korach bevindt zich de bijpassende schildering van Perugino. Hier is de inscriptie te lezen: Aanval op Christus, drager van de wet. Op de achtergrond is het evangelieverhaal over de belasting afgebeeld. Hier werd Christus’ relatie tot de wereldlijke macht van het Romeinse keizerrijk onderzocht. Ook het verhaal van de steniging van Christus na zijn preek in de synagoge is in de schildering af te lezen. In deze scene wordt het gezag van Christus als religieuze onderwijzer afgewezen. Op de voorgrond van de schildering overhandigt Jezus de sleutel van het spirituele gezag aan Petrus. Aan deze sleutel hangt een tijdelijk buiten werking gestelde sleutel van de wereldlijke macht. De dieper gelegen boodschap is dat de paus zowel de spirituele als de wereldlijke macht heeft en dat hij deze macht heeft ontvangen van Christus zelf. De spirituele macht was direct en de wereldlijke macht werd indirect uitgeoefend door gehoorzame christelijke heersers. De paus is net als Christus soeverein in beide sferen. Deze opvatting over de apostolische succesie en het pauselijk primaat was zeer krachtig vormgegeven door de pausen Gregorius VII en Innocentius III.

Laatste oordeel
Hoewel paus Clemens VII de grote opdrachtgever was, kwam Het Laatste Oordeel tot stand onder het pontificaat van Paulus III. In de lente van 1536 begon hij met de schildering die tot een van zijn beroemdste werken gerekend zou worden. Christus wordt in deze schildering afgebeeld als rechter over de mensheid. Zichtbaar is hoe Christus met een handgebaar over het lot der mensen beslist. Engelen blazen de doden tot leven en dragen een boek bij zich waarin de daden van de mensen staan opgetekend. Bij de iconografische bestudering van het werk wordt duidelijk dat er allerlei heiligen en figuren uit de mythologie zijn afgebeeld. De klus koste Michelangelo met een kleine tussenpauze driehonderdvijftig dagen. Het resultaat was een werk van grote omvang waarin meer dan driehonderd figuren te aanschouwen zijn.